La presencia de la Congregación en Navarra es casi tan antigua como la propia Institución, y tiene sus raíces en la presencia del Padre Menni en esta tierra durante la última guerra carlista, como voluntario de la Cruz Roja, durante los años 1874 y 1875). Tuvo amistad con notables navarros de su época, como el Dr. Nicasio Landa, y participó en la fundación de la gran institución psiquiátrica de Navarra. A pesar de las numerosas vocaciones surgidas en el periodo intermedio, la primera fundación de las Hermanas en Navarra no llegó hasta 1904. Ese año firmó un contrato con la Diputación de Navarra para la asistencia a los enfermos mentales en el Hospital Psiquiátrico Provincial S. Francisco Javier por parte de los Hermanos de San Juan de Dios y de las Hermanas Hospitalarias para la sección de mujeres.

Posteriormente, la Clínica Padre Menni de Pamplona fue fundada en 1950, denominándose inicialmente “Clínica Nuestra Señora del Camino” hasta 1995. Está situada en el pamplonés barrio de la Rochapea, ocupa una superficie de 6.556 m2, con una superficie construida de 11.340 m2. El núcleo original del Centro lo constituía un chalet adquirido a la familia Ochoa de Olza al que posteriormente se fueron añadiendo diversos edificios y dependencias. La última ampliación se terminó en el primer trimestre de 2006, con el nuevo edificio del área de psiquiatría que ha supuesto un importante paso adelante para la Clínica al disponer de unas instalaciones de primer nivel en la atención de la enfermedad mental.

Por su parte, el Centro Hospitalario Benito Menni de Elizondo, (Valle del Baztán de Navarra), fundado en el año 1938, a partir de una villa señorial adquirida por la Congregación. Inicialmente se denominó Clínica Nuestra Sra. Del Pilar. Posteriormente se fueron añadiendo diversos edificios hasta adquirir su configuración actual. En la actualidad ocupa una superficie de 51.361 m2, la superficie construida es de 15.617 m2. El resto de superficie lo ocupan un parque-jardín, un polideportivo y aparcamiento. En 1988 se inauguró, dentro del mismo recinto, la Residencia Psicogeriátrica “Mª Josefa Recio”, con 43 plazas, que a partir de 1997 quedó integrada en el Centro Hospitalario Benito Menni.